Hệ vi sinh có vai trò quan trọng sống còn cho một hệ thống thủy sinh, chúng “lọc” nước và đảm bảo chất lượng nước phù hợp cho cá, tép, thực vật trong hồ. Hệ vi sinh ổn định sẽ đảm bảo một môi trường ổn định cho hồ thủy sinh, ngược lại hệ vi sinh có vấn đề, quá tải thì sẽ gây tình trạng bùng phát rêu hại, cá tép bệnh tật, nước đục, có mùi, độc…